为了确定其在检测HCC中的效用，我们评估了已知诊断为HCC或已排除的个体中的HCCSCREEN分析（非HCC）。我们从AFP/US阳性/可疑个体中获得了65例HCC病例和70例非HCC病例。这种HCC阳性或HCC阴性状态基于动态CT/MRI成像和组织学确认。

这135例病例被用作训练队列，并将HCCSCREEN结果与临床诊断进行了比较。为了构建在测定中整合不同类型的生物标志物的分类器，我们首先将不同类型的CFDNA突变折叠成每个基因或基因座的感兴趣区域（ROI）分数（请参阅方法）。 ROI评分是ROI内每个点突变的破坏效应和频率的加权总和。